理事会

   “中心”的最高决策机构，主要负责任命中心主任、审核由主任提名的副主任，审核“中心”的工作计划和目标。本中心理事会主要由行业权威专家以及教育部、同济大学、清华大学、上海财经大学、西南财经大学和中国人民银行、上海浦东智慧城市发展研究院、快钱支付清算信息有限公司、支付宝（中国）网络科技有限公司等协同体主干单位领导组成。

中心主任

   全面负责中心的日常管理、建设和学术发展工作，具体包括：组织讨论、编制中心的学术研究发展计划和年度总结报告；组织、协调、建议中心全职和非全职流动人员的遴选和聘任工作；组织中心人员的年度考核工作，组织中心科研成果的国际评审工作等；落实、贯彻、执行会议形成的各项意见、建议和决议；联系、协调协同体各单位及各学科的整体发展相关的各项工作。电子商务交易与信息服务协同创新中心现已聘任同济大学副校长蒋昌俊教授为主任。

管理职能部门

   设立人力资源部、行政事务部、财务管理部、项目管理部、知识产权部、平台运行部和外联服务部，各职能管理部门的职能描述如下：

人力资源部：负责中心人才的交流、引进、首席的联络和人事管理；负责中心人员的聘用、考核和激励；负责协调协同体内高校人才政策在中心的落实，学生培养一体化课程的设置、招生和管理，以及学生的调配等。

行政事务部：负责中心日常事务、经费、合同等管理；负责物资、实验室、网络、办公室等管理与服务。

财务管理部：负责中心财务及创新基金的筹措、管理和运作事宜。

项目管理部：负责团队的组建、队伍的组织，具体任务的实施；负责中心科研项目管理；负责联系和聘请政府、企业、高校和研究所的相关人员，致力于研究开发过程中的发现问题、提出问题和评价问题；负责市场开拓和面向企业的技术服务及成果转化。

知识产权部：负责各协同创新主体知识产权申报等。

平台运行部：负责中心固定资产，包括试验设备、办公设备及空间场所的日常管理、维护和使用，以及实验室的建设和使用等。

外联服务部：负责官产学研用以及科学研究、技术开发、人才交流、学生培养等国际化的事宜。